Предметный рейтинг «Первая миссия» создан на основе результатов проекта «Лучшие образовательные программы инновационной России», который был запущен в 2009 году по инициативе Гильдии экспертов в сфере профессионального образования, Национальным центром профессионально-общественной аккредитации и журналом «Аккредитация в образовании».
Важнейшим достижением проекта являются результаты экспертной оценки по итогам опроса широкого круга стейкхолдеров высшего образования — специалистов, имеющих непосредственное отношение к образованию. Это эксперты, привлекаемые к процедурам государственной и профессионально-общественной аккредитации, руководители образовательных организаций, представители профессиональных и общественных организаций, крупные работодатели и студенты. Ежегодно около 1000 человек принимает участие в экспертном опросе по выбору лучших образовательных программ российских вузов. Результаты опроса проходят верификацию в экспертных фокус-группах.
Методика выбора программ в число лучших также предполагает дополнение результатов экспертной оценки статистическими показателями.
Таким образом, лучшие программы выбираются по трем группам показателей, ориентированных на «первую миссию» вуза: достижения образовательной программы, достижения преподавателей и достижения студентов.
Данные по каждой группе показателей собираются не по вузу в целом, а по отдельным образовательным программам, что позволяет распределить такие образовательные программы в каждой из 55 укрупненных групп специальностей (в соответствии с приказом Министерства образования и науки Российской Федерации от 12 сентября 2013 г. N 1059 г. Москва «Об утверждении Порядка формирования перечней профессий, специальностей и направлений подготовки»).
Если хотя бы одна программа из определенной укрупненной группы специальностей попала в перечень «Лучших образовательных программ инновационной России», то вузу присваивается оценка «А» по этой группе.